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Os territórios considerados indígenas são aqueles de ocupação tradicional com ou sem reconhecimento oficial do Estado, bem como outras categorias de territórios designados aos povos indígenas, tais como a Reserva Indígena ou Zona Intangível. Estes territórios cobrem 28% do território da Pan-Amazônia sendo que sua maior parte, 17,7%, coincide com áreas protegidas para a conservação ambiental, de acordo com informações da RAISG, relatório Amazônia Sob Pressão. De acordo com a Coordenadoria das Organizações Indígenas da Bacia Amazônica (COICA), ali vivem 511 grupos indígenas, dos quais aproximadamente 66 se encontram em isolamento voluntário ou contato inicial - informação disponível no website colcamazonia.org em agosto de 2022.
A terra e seus recursos naturais são elementos constitutivos imprescindíveis a qualquer território indígena, contudo, estes fatores não podem ser considerados de forma separada da relação espiritual e cultural especial que une os povos indígenas com seus territórios. Por isso, as reivindicações dos indígenas atravessam tanto a dimensão do gozo, uso e manejo dos recursos naturais, como também a dimensão do controle dos processos de ordem política, econômica, social e cultural de seus territórios conforme as normas próprias dos povos indígenas. Logo, estes territórios se apresentam não somente como um sistema de recursos, mas também como um espaço jurisdicional para sobrevivência não somente física e cultural dos povos indígenas.
Os direitos territoriais dos povos indígenas estão estreitamente relacionados com a evolução dos direitos dos povos indígenas no sistema jurídico internacional, tais como o Convênio No 169 da OIT, a Declaração das Nações Unidas sobre os Direitos dos Povos Indígenas, além da influência do sistema interamericano de direitos humanos. Nos países- membro da OTCA, o reconhecimento dos direitos territoriais dos povos indígenas experimentou avanços significativos nas últimas décadas, embora este movimento aconteça de forma bastante heterogênea em cada país. Os processos de reconhecimento, titulação e demarcação de territórios indígenas se sucedem em quase todos os países com maior ou menor êxito, no entanto, todos eles reconhecem ou protegem os territórios indígenas de alguma forma.
Alguns países, como o Estado Plurinacional da Bolívia e Equador desenvolveram normas jurídicas que se aproximam mais das reivindicações permanentes dos povos indígenas, tais como aspectos relacionados ao controle territorial e recursos naturais, outros Estados como Brasil, Peru e Colômbia reconhecem ou mesmo demarcam os territórios indígenas, porém não lhes atribui a titulação ou propriedade sobre os recursos naturais. Apesar das iniciativas estatais para reconhecer os direitos territoriais dos povos indígenas, de forma geral, os países não conseguem alcançar os padrões internacionais definidos no âmbito das Nações Unidas e da Organização dos Estados Americanos fazendo com que sua aplicação seja ainda deficiente.